13 лет спустя после финала 9 сезона, открывается новая глава “Секретных материалов”. К Фоксу Малдеру и Дане Скалли обращается Тэд О’Мэлли, конспиролог и популярный интернет-телеведущий, который считает, что вышел на след глобального заговора. Благодаря помощнику директора ФБР Уолтеру Скиннеру, О’Мэлли удается заручиться поддержкой бывших агентов отдела “Секретные материалы” Малдера и Скалли, которые с тех пор…

Малдер и Скалли расследуют, что за невидимая сила могла заставить ученого пойти на самоубийство. Они выходят на лабораторию, где проводятся запрещенные генетические эксперименты в течение десятилетий. Эта лаборатория выводит особи, обладающие неожиданными и опасными силами и таящие в себе глубокие обиды.

Малдеру и Скалли поручают расследование убийства городского чиновника, на которое, как кажется, не способен ни один человек. В это же время Скалли приходится столкнуться с личной трагедией, которая вскрывает старые раны о ребенке, которого она отдала на усыновление много лет назад.

Расследование, которое Малдер и Скалли ранее начали вместе с Тэдом О’Мэлли, кажется, пробудило могущественных врагов. Начинает широко распространятся паника, когда люди по всей стране начинают тяжело заболевать, и Скалли должна попытаться найти лекарство.