Черновая версия сценария была написана 17 декабря 1992 года.Изначально в сценарии значился спецагент по имени Лейк Дрейзен. Именно он на совещании в начале эпизода предлагает кандидатуру Скалли в напарницы Малдера для оценки его расследований. Он говорит Скалли: «Я знаю, что вы усидчивы и беспристрастны». Дрейзен проводит Скалли в подвальный офис Малдера и вместе они смотрят слайд-шоу, которое дает общее представление о смертях в Белльфлере. Позже Дрейзен появляется в сцене, когда Скалли предоставляет руководству свой отчет с результатами расследования. Один из чиновников позволяет Скалли продолжить работу с агентом Малдером, до тех пор, пока не будут найдены весомые доказательства, чтобы прикрыть его отдел. Впоследствии Дрейзен бросает копии отчетов Скалли в мусоросжигатель. Эта сцена наводит на мысль о том, что в последствии эта роль была переписана под Курильщика.

В черновом варианте сценария доктор Неуман (окружной коронер, позже переименованный в доктора Неммана) сделал аборт Пегги О’Делл (девушка в инвалидном кресле) тем же летом, когда выпускники праздновали окончание школы. Пегги утверждала, что отцом ее ребенка был Билли Майлз. По словам дочери доктора Неммана (в сцене, когда она беседовала с агентами в кафе) Билли исчез перед выпускным и вернулся только в конце лета. Поэтому никто не верил, что Пегги была беременна от него. И также со слов Терезы Немман, «Ей сделали аборт, но никакого ребенка не было. Там было нечто иное. Папа сказал, это из-за тех отметин у Пегги».

В оригинальном сценарии у Скалли был бойфренд по имении Этан Минетт. Его роль исполнил Тим Рэнсом. Впервые он появляется в сцене после первой встречи Малдера и Скалли, когда он вводит свою новоиспеченную напарницу в ход дела. В первой сцене со своим бойфрендом, Скалли рассказывает о своем переводе и новом деле, из-за которого их общие планы на выходные придется отменить. В черновике Этан – журналист, и их встреча со Скалли проходит в элитном вашингтонском ресторане. В окончательной версии сценария он работает в телестудии, куда к нему приходит Скалли.

Этот персонаж был введен по настоянию представителей Fox, которые хотели видеть в эпизоде романтический оттенок. Но при монтаже Крис Картер принял решение вырезать сцены с его участием, поскольку они замедляли динамику сцен с Малдером и Скалли, которые смотрелись гораздо увлекательней, чем ее отношения с бойфрендом.

Изначально городок Белльфлер должен был находиться в штате Луизиана, однако потом его переместили в штат Орегон. Название «Белльфлер» – ссылка на родной город Криса Картера Белльфлауэр, шт. Калифорния.

Пилотный фильм «Секретных материалов» с бюджетом в $2 млн. был снят за 14 дней в марте 1993 года, а пост-продакшн (монтаж, озвучание, работа над звуковыми и визуальными эффектами) был завершен в начале мая. Первой была отснята сцена знакомства Малдера и Скалли, съемки которой проходили в здании Национальной канадской радиовещательной корпорации CBC. На момент съемок актеры были готовы к прочтению реплик на репетициях, но никак не на съемочной площадке. Картер знал, что эти первые пробные дубли руководство студии будет изучать чуть ли не под микроскопом – в первую очередь из-за разногласий, предшествующих выбору Джиллиан Андерсон на роль Скалли: студийные боссы видели в этой роли актрису с формами Памелы Андерсон, в то время как Картер искал ту, которая будет правдоподобно смотреться на фоне лабораторного оборудования. «От первых отснятых кадров зависит не только настоящее, но и будущее проекта, – говорил Картер. – Если все решат, что они не сработаются в дуэте, следующие 14 или 15 дней будут настоящим адом».

Однако между актерами моментально возникла полная гармония (Андерсон шутила, что у Духовны гармония со всеми женщинами), несмотря на не самые простые рабочие условия. Так, в один из съемочных дней им пришлось несколько часов мокнуть под холодным дождем – Джиллиан до того продрогла, что была не в силах справиться со своей репликой несколько дублей подряд.

Также актриса на самом деле не горела желанием сниматься в нижнем белье в сцене, когда Скалли обнаруживает у себя на теле комариные укусы и в таком же виде приходит к Малдеру. Но, поскольку она была только начинающей актрисой, у нее просто не было другого выбора. «Я действительно не вижу никаких причин, почему комары не могли меня покусать, скажем, на плече или где-нибудь еще», – признается Джиллиан.
Но трудности на съемках испытывали не только ведущие актеры, но и технический персонал. Так, большой проблемой для съемочной группы стала сцена с носовым кровотечением у дочери коронера во время разговора. В конце концов она была решена с помощью подведенной к ее лицу трубкой, механизм которой, однако, далеко не с первого раза срабатывал так, как требовал сценарий. А во время съемок сцен с кладбищем, художник-постановщик оступился и упал в одну из «могил», сломав ногу.

Как правило, в первом сезоне общие планы здания штаб-квартиры ФБР снимали непосредственно в Вашингтоне, округ Колумбия. Однако в Ванкувере, где проходили основные съемки, у здания был свой «двойник» – университет им. Саймона Фрэйзера. Сцены в больнице снимали в заброшенном здании Психиатрической клиники Ривервью в Коквитламе.

Уильям Б.Дэвис, сыгравший молчаливого Курильщика в пилотном фильме, вспоминает, как после окончания съемок режиссер Роберт Мэнделл сказал всем, что они еще встретятся, как только «Секретные материалы» получат заказ на целый сезон – но тогда его слова никто серьезно не воспринял.

И, тем не менее, они оказались пророческими – рейтинг пилотного фильма оказался неожиданно высоким – 7.9 (что соответствует 7,4 млн. зрителей) и 15% от общей аудитории прайм-тайма. Это был более чем достойный показатель для канала Fox, который на тот момент был нацелен на конкуренцию с лидирующими телесетями, и их совсем не заботил пятничный прайм-тайм, стабильно собирающий самую невысокую аудиторию на неделе. «Показатели премьеры привлекли всеобщее внимание», – вспоминает Сэнди Грушоу, директор канала Fox в 1993 году. И это несмотря на едва заметную рекламную кампанию сериала, потому как основные рекламные расходы ушли на раскрутку вестерна «Приключения Бриско Каунти-мл.», который был закрыт уже после первого сезона.

6 марта 1992 – Первая встреча Малдера и Скалли
7 марта 1992, 8:00 – Агенты вылетают в Орегон
7 марта 1992, 22:56 – Скалли проводит осмотр эксгумированного тела
8 марта 1992, 4:57 – Скалли пишет отчет в своей комнате отеля
8 марта 1992, день – Агенты посещают Психиатрическую больницу округа Реймон
8 марта 1992, 21:03 – Малдер и Скалли теряют 9 минут времени после вспышки с неба
9 марта 1992, 5:07 – Малдер и Скалли обнаруживают вырытые могилы на кладбище
9 марта 1992, день – Агенты посещают Билли Майлза в больнице
22 марта 1992 – Билли Майлз проходит сеанс регрессивного гипноза в штаб-квартире ФБР

Впервые: В эпизоде мы впервые замечаем любимое лакомство Малдера (и Криса Картера) – семечки.
Впервые: Это первый эпизод, в котором появляется Курильщик. Малдер, Скалли и Курильщик – единственные персонажи, которые появились в первом и последнем эпизодах сериала.
Номерной знак арендованной машины агентов – RL1-670.
Номерной знак джипа доктора Неммана – IEC-1K8.
Номер контейнера, в который Курильщик помещает имплантант – 100041.
Скалли проводит осмотр эксгумированного трупа в 10:56 – это ссылка на дату рождения Картера (10.13.56)
В последней сцене эпизода, когда Малдер звонит Скалли, на ее часах стоит время 11:21 – это ссылка на дату рождения жены Картера, Дори Пирсон (11.21.48).